Parcours de formation R perfectionnement SSP
Quarto (≥ 1.5)
RStudio (≥ 2022.07) et R (≥ 4)
=> Installé par défaut sur Cerise !
Un module des formations à R dispensées au SSM Agriculture
versatile : pour le langage en entrée et les formats en sortie (diapo suivante)
Le format PDF nécessite {tinytex}
Un paquet {quarto} et un binaire quarto (ils sont pré-installés sur CERISE).
Vérification dans le terminal :
quarto check install
quarto check knitrinstall.packages("quarto")Le format PDF nécessite LaTeX.
quarto install tinytexOn passe en revue rapidement les éléments d’un document Quarto, puis on revient sur chaque élément en détail par la suite
---
title: "Litany against fear"
author: "Bene Gesserit"
---
I must not fear. *Fear is the mind-killer*. Fear is the little-death that
brings total obliteration.
```{python}
import numpy as np
np.exp(np.pi * complex(0, 1)) + 1
```
**I will face my fear.** I will permit it to pass over me and through me.
```{r}
somme <- sum(1:10)
```Un exemple pour montrer rapidement les différents éléments qu’on décrira ci-après
Un langage balisé simplifié
Inventé en 2004 pour offrir une syntaxe facile à lire et à écrire, en l’état, sans formatage.
Le code exécutable est intégré dans un chunk (bloc) :
```{r}
#| label: mon-chunk
#| warning: false
1+1
```Ctrl Alt i
label: est un identifiant (facultatif mais conseillé)Avec la console R :
quarto_render("mon_document.qmd")Avec le terminal :
quarto render mon_document.qmdCtrl ⇧ k ou 
(ou 
)
Le tricotage/rendu se fait dans une nouvelle session à chaque fois et n’impacte pas votre environnement courant ; de même les objets de votre environnement courant ne sont pas disponibles, par défaut, lors du rendu
Exercice 1. : découvrir l’interface
* ou _ pour mettre en *italique* ou en **gras**[un lien](https://www.example.org/) → un lien[vert]{style="color:darkgreen"}<span style="color:red">rouge</span> pour mettre en rougePréfixer le titre avec #, ## ou ### pour avoir les titres de niveau 1, 2 ou 3, etc..
#### Titre de niveau 4
- Atréides
- Leto
- Jessica
- Paul
- Harkonnen
- Vladimir
- Rabban
- Feyd-Rauthaou
- Atréides
* Leto
* Jessica
* Paul
- Harkonnen
+ Vladimir
+ Rabban
+ Feyd-Rautha1. Atréides
- Leto
- Jessica\
**2 espaces (ou `\`) + nouvelle ligne + aligner
pour ajouter du texte dans les items**
- Paul
2. Harkonnen
- Vladimir
- Rabban
- Feyd-Rautha\) + nouvelle ligne + aligner pour ajouter du texte dans les itemsRenumérotation automatique incrémentée à partir du premier numéro trouvé.
{#fig-dune fig-alt="A sand worm on Arrakis"}Utiliser le préfixe fig- pour l’identifiant afin de pouvoir bénéficier des renvois automatiques et de la numérotation automatique
(cross-references)
Un lien automatique est créé si on indique @fig-dune : Quarto nous écrit le lien (type et numéro) qui renvoie à figure 2.
Les noms des types affichés peuvent être modifiés dans l’en-tête :
---
crossref:
fig-prefix: figure # par défaut : Figure
fig-title: Figure
tbl-prefix: tableau # par défaut : Tableau
tbl-title: Tableau
title-delim: " – "
---Les notes se construisent en ajoutant un [^1] dans le texte, avec le 1 pouvant être une numérotation (pas obligatoirement dans l’ordre) ou tout autre mot clé. La note est ensuite introduite avec le même symbole dans un nouveau paragraphe :
[^1]: texte de la note
C’est normalement facile1 à faire si on se rappelle de la syntaxe.
Syntaxe LaTeX entre des $ (inline) ou $$ (bloc).
$\sigma = \sqrt{\frac{1}{N} \sum_{i=1}^N (x_i - \mu)^2},\text{ où } \mu = \frac{1}{N} \sum_{i=1}^N x_i$\[\sigma = \sqrt{\frac{1}{N} \sum_{i=1}^N (x_i - \mu)^2},\text{ où } \mu = \frac{1}{N} \sum_{i=1}^N x_i\] doc
(Callout)
Les “libellés” permettent de mettre en exergue des informations complémentaires.
:::{.callout-note}
Il existe cinq types de libellés :
`note`, `tip`, `warning`, `caution` et `important`.
:::Il existe cinq types de libellés : note, tip, warning, caution et important.
::: callout-warning
Suite aux nombreux manquements à l’obligation de contrôle hebdomadaire (...)
:::Suite aux nombreux manquements à l’obligation de contrôle hebdomadaire de l’étanchéité (…)
::: {.callout-tip title="Mon titre"}
This is a callout with a title.
:::This is a callout with a title.
Exercice 2. produire un document simple
Quarto est fourni avec plusieurs thèmes => voir ici.
Un bloc de code (ou chunk en anglais) exécuté sans options.
glm(Sepal.Length ~ Sepal.Width, data = iris)
Call: glm(formula = Sepal.Length ~ Sepal.Width, data = iris)
Coefficients:
(Intercept) Sepal.Width
6.5262 -0.2234
Degrees of Freedom: 149 Total (i.e. Null); 148 Residual
Null Deviance: 102.2
Residual Deviance: 100.8 AIC: 372De nombreuses options sont disponibles pour personnaliser les blocs de code.
#| eval: exécuter le code#| echo: afficher le code#| label: identifiant du chunk (pas obligatoire mais si vous décidez d’en mettre, pas de doublons)#| fig-cap: sert uniquement à légender une figure (image ou graphique par exemple)Si on a #| echo: true l’utilisateur voit le code
On peut aussi ajouter des outils pour l’utilisateur pour qu’il affiche ou cache les chunks avec, dans l’en-tête YAML :
format:
html:
code-fold: true
code-tools: truecode-fold: true permet à l’utilisateur de plier / déplier le code sous les résultats.
code-tools: true permet d’ajouter une barre d’outils en haut du quarto pour les blocs de code.
setupPour charger les packages et gérer la configuration de votre quarto, il est recommandé d’inclure un premier bloc de code juste après l’en-tête de votre document.
Voici un exemple :
Exercice 3. Code
Les tableaux sont balisés ainsi en Markdown :
| année | titre |
|------:|:------------------------|
| 1965 | Dune |
| 1969 | Le Messie de Dune |
| 1976 | Les Enfants de Dune |
| 1981 | L'Empereur-Dieu de Dune |
| 1984 | Les Hérétiques de Dune |
| 1985 | La Maison des mères |
: Cycle de Dune {#tbl-cycle}| année | titre |
|---|---|
| 1965 | Dune |
| 1969 | Le Messie de Dune |
| 1976 | Les Enfants de Dune |
| 1981 | L’Empereur-Dieu de Dune |
| 1984 | Les Hérétiques de Dune |
| 1985 | La Maison des mères |
Voir cet outil en ligne.
Mais la plupart du temps on affichera des tableaux programmatiquement.
iris |>
summarise(.by = Species,
moy_sepales = sum(Sepal.Length)) Species moy_sepales
1 setosa 250.3
2 versicolor 296.8
3 virginica 329.4Avec {knitr} ou le paramètre en en-tête :
format:
html:
df-print: kableiris |>
summarise(.by = Species,
moy_sepales = sum(Sepal.Length)) |>
knitr::kable()| Species | moy_sepales |
|---|---|
| setosa | 250.3 |
| versicolor | 296.8 |
| virginica | 329.4 |
Contrôler l’impression de data.frame avec df-print: kable ou df-print: paged, df-print: tibble Interactivité javascript df-print: paged à voir en exercice
ou avec {gt}
library(gt)
iris |>
summarise(.by = Species,
moy_sepales = sum(Sepal.Length)) |>
gt()| Species | moy_sepales |
|---|---|
| setosa | 250.3 |
| versicolor | 296.8 |
| virginica | 329.4 |
Utiliser le préfixe tbl- pour l’identifiant afin de pouvoir bénéficier des renvois automatiques et la numérotation automatique
Exercice 4. Tableaux
ggplot(iris, aes(Petal.Length,
Petal.Width,
color = Species)) +
geom_point()
Taille d’image dans Quarto (Arel-Bundock, 2024)
Interactivité possible avec {plotly} ou {ggiraph}. cf. exercices
Exercice 5. Graphiques
library(leaflet)
library(sf)
"donnees/adminexpress_cog_simpl_000_2024.gpkg" |>
read_sf(layer = "region") |>
leaflet() |>
addTiles() |>
addPolygons()Exercice 6. Cartes
On peut faire des présentations.
##).flowchart TD
A[(données)] --> B(importer)
B --> C[/données valides/]
C --> D{"sum(sau > 200)"}
D -- oui --> E(OK)
D -- non --> F(Stop)flowchart TD
A[(données)] --> B(importer)
B --> C[/données valides/]
C --> D{"sum(sau > 200)"}
D -- oui --> E(OK)
D -- non --> F(Stop)
mon_document.qmd
---
title: Rapport
format:
html: default
params:
region: 84
sortie: knitr
---
## Région `{r} params$region`
```{r}
sau <- ra |>
filter(siege_reg == params$region) |>
summarise(.by = siege_dep,
sau_tot = sum(sau_tot, na.rm = TRUE))
if (params$sortie == "knitr") kable::knitr(sau) else sau
```On n’est pas obligé de changer manuellement les paramètres et re-tricoter ; on peut itérer sur une liste :
for (r in c(11, 94, 84, 04)) {
quarto::quarto_render("mon_document.qmd",
execute_params = list(region = r),
output_file = paste0("rapport_", r, ".html"))
}résultera en 4 rapports personnalisés : rapport_11.html, rapport_94.html,…
Exemple 1 qui génère un contenu différent en Html/Pdf ou en fonction du paramètre srise.
Exemple 2 issu de la documentation officielle.
En tout point du qmd :
{{< include entete.qmd >}}ou dans le YAML pour ajouter de simples en-tête et pieds de page :
---
format:
html:
include-before-body: en_tete.html
include-after-body: pied.html
---Pour les calculs longs et rarement variables on peut gagner du temps avec cache: true (au niveau document ou chunk).
```{r}
#| label: long-traitement
#| cache: true
#| cache-extra : !expr file.mtime("donnees/departements.gpkg")
region <- read_sf("donnees/departements.gpkg") |>
st_union()
```Ne sera exécuté qu’une fois sauf si le code du chunk change ou si la date du fichier change ou si on passe à cache: false, ou via :
quarto render mon_document.qmd --cache-refreshcache peut être défini au niveau projet, document ou chunk.
Pour textes et graphiques (Service d’information du gouvernement, 2020)
Installer {ragg}, {systemfonts} et {textshaping}
Dans l’en-tête yaml du document Quarto :
---
mainfont: Marianne
knitr:
opts_chunk:
dev: "ragg_png"
---Permet d’avoir la police Marianne pour le texte et de la prendre en compte dans les graphiques ggplot.
Autre possibilité (à mettre dans un chunk de configuration en début de document) : knitr::opts_chunk$set(dev = "ragg_png")
page d’aide sur les notes de bas de page.↩︎